内窥镜的使用为了解消化道疾病开辟了新的天地。如今不会使用内镜的消化科医生已经很不好意思对别人说自己是消化科的了。内窥镜的种类和用途已经越来越多，但最常用的依然是胃镜和结肠镜。原因有两方面：一方面是这两种器械所能够观察到的部位：食管、胃、十二指肠和大肠是疾病最多见的部位，百分之九十九以上的消化道疾病和近乎全部的常见消化道肿瘤是发生在这个范围之内。另一方面是这两种的操作相对比较简单，大多数人经过不算太长时间的培训都可以掌握。
胃镜和肠镜检查简单来说就是将借助光纤和长长的镜身，将人眼的可视范围扩展到了人体内部的消化道中。类似于潜艇借助潜望镜观察水面的敌情，内镜也必须达到病变的部位才能看到病变，并进行相应的治疗。所以消化科医生每天的工作，大部分是在别人的肠道里边走边看。走到哪里看到哪里。
所谓的走，其实是通过柔软的镜身将镜头推入肠道。现在问题来了，消化道比内窥镜镜身还要软，弹性可变，位置可变。虽然设计上，胃镜和肠镜的总长度要大于被观察的部位长度，但做内窥镜的消化内科医生都知道，这不是一个简单的丈量关系。一个最重要的原因就是，内窥镜会在人的消化道里面打袢。很多时候还不是一个袢，会有两个甚至三个泮。仅有一个泮形成的时候，还可以勉强推进，但病人已经开始感觉不舒服了，如果有两三个袢，病人可能会感觉非常疼痛，也很难再继续推进，继续推进镜头也不会向里走，只会让肠道拉长，张力增大。手头如果正在用有线鼠标的可以试验一下，鼠标线笔直的时候，可以向前推，如果弯曲了再推只能是更弯曲。相比来说，做胃镜检查这种问题小一些，因为胃镜首先经过的地方咽喉部和食管位置比较固定，弯度也比较小，打袢主要是结肠镜需要考虑的问题。
所以有经验的内窥镜医生从来不会依靠镜身的长度来完成结肠镜检查。反而在达到结肠的最里端的时候，所用的镜身长度要小于自然状态下的大肠长度，水平越高的小得越多。这是为什么呢？上面说了操作不慎可以让肠道拉长，既然可以拉长当然就可以缩短，缩短的方法就是让肠子一点点套到结肠镜身上，这样镜身就不必推进很多，还保持最小的弯度，病人也感觉舒服很多。能做到这一点，需要医生熟悉肠子的走形方向，以及长时间训练掌握的手法。
但总有些极品的肠子，能够超过当前大多数医生的能力。比如做过手术腹腔有粘连的，体型瘦长的，极度肥胖的，先天肠道畸形的。还有很重要一点，虽然上面说绝大多数疾病是位于消化道的两端，中间长度最长的小肠很少生病，但很少不代表没有。随着医疗技术的提高，小肠疾病被发现的越来越多。并且越大型的医院越常见，原因很简单，基层医院过滤出来的。单纯依靠推进走完长达数米，走形复杂程度超过任何盘山公路的小肠超过了结肠镜和内镜医师的能力极限。现有的结肠镜大多只有一米多长，只能看到小肠的两端一小部分。单纯加长也难以实现，太长了无法操作，也更容易打袢，所以加长是有限度的。所以小肠镜除了加长以外，还必须借助气囊装置，把小肠一点点套在镜身上。和结肠镜原理类似，但结肠镜基本上是靠医生手法，把肠子一点点勾过来套在镜身上，小肠镜不仅要钩，还要撸。撸当然不是用手撸，而是借助气囊。小肠镜前面有一个套管，套管上有一个气囊，气囊充气以后和肠壁紧密接触，再向后拉，或者套管不动，镜子往里推，就把肠子套在了镜身上。
听起来简单，但实际上做起来很困难，做的最熟练的也不敢保证半天能够完成一例小肠镜检查。往往在耗尽体力之前耐心就已经耗尽了。小肠镜的终极目标是实现对接，也就是先从口或者肛侧进入，在达到极限之后再从另一侧进入，看到之前所做的标记，就表明实现了对接，意味着整个小肠观察完毕。这个比例目前还远不到一半，好在很多人的目标是发现疾病。如果没有发现疾病，不管是否完成了对接都是比较糗的事情。主要原因有三个：价格昂贵、费时费力、风险较大，小肠镜穿孔的比例要远大于普通结肠镜检查。
难道就没有自由行走，不需要推进的内窥镜吗？有，那就是胶囊内镜。胶囊内镜最早由以色列发明生产，据说发明者是位有导弹研究背景的工程师。胶囊内镜改变了内窥镜需要镜身推进和传导影像的历史，化身成一粒胶囊，胶囊自带电池和摄像头，通过无线方式将内部影像传输到体外的接收器上，然后存储到电脑上慢慢欣赏。
胶囊内镜的最大优点当然就是安全舒适，唯一需要担心的就是胶囊滞留在体内无法排出。但根据目前的经验，似乎滞留并不是什么大不了的问题。国内有滞留三个月以上的，国外有滞留数年的。缺点也有，无法推进，就无法对一个地方重点反复观察，也不能取活检。但未来是否会出现既可以自主控制前进后退，又可以充气取活检甚至做手术的胶囊内镜？在胶囊内镜，或者更早一些的普通内窥镜出现之前，可能人们也曾经有过类似的疑问。
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